本文发表在 rolia.net 枫下论坛为了准确地回答你的质疑,俺重新阅读了一遍英文版The Origin of Species,同时也再次浏览了游子吟第六章.

下面给出两个连接,你可以对比阅读.
http://www.talkorigins.org/faqs/origin.html
http://www.afcinc.org/afcsite/big_5code/literature/mc_lit/Song/prod-fram.htm

里程将英文原著引述在文章里,并且每章后面都对引用做了准确的注释,如果出于理解上的问题,你那位朋友可以指责他理解问题偏误,而非撒谎.所以,俺下面就里程理解的是否正确和你讨论,但不接受谎言的指责.

达尔文在物种起源中对于物种的多样性和进化原理做了详尽的描述,并且尽可能给出生物学地质学等诸多方面的证据,从严密性上讲,他已经涵盖了当时的知识范畴中尽可能有利的证据.但是,他不得不承认他的理论所面临的问题,于是专门有第六章Difficulties on Theory进行讨论,共有4个问题,其中将本能和杂交问题放到7,8章讨论.

第六章开头,达尔文说Long before having arrived at this part of my work, a crowd of difficulties will have occurred to the reader. Some of them are so grave that to this day I can never reflect on them without being staggered; but, to the best of my judgment, the greater number are only apparent, and those that are real are not, I think, fatal to my theory.
看得出来,他承认这些困难to that day仍然不能很好地解释,但是出于他the best of his judgment,他认为这些困难不会对他的理论有致命影响.

俺不知道如何做到不断章取义,但是俺已经浏览了英文原著,并且从这段文字得出几点印象,
1,进化论存在一些困难,并且是致命的,如果不能很好解释的话.但是,
2,对于达尔文来说,出于"他的判断",大多数问题是only apparent的,所以"他想",这些不是致命的.

再来看关于眼睛的叙述,为了不断章取义,俺引用了整个一个段落,比里程的多,
To suppose that the eye, with all its inimitable contrivances for adjusting the focus to different distances, for admitting different amounts of light, and for the correction of spherical and chromatic aberration, could have been formed by natural selection, seems, I freely confess, absurd in the highest possible degree. Yet reason tells me, that if numerous gradations from a perfect and complex eye to one very imperfect and simple, each grade being useful to its possessor, can be shown to exist; if further, the eye does vary ever so slightly, and the variations be inherited, which is certainly the case; and if any variation or modification in the organ be ever useful to an animal under changing conditions of life, then the difficulty of believing that a perfect and complex eye could be formed by natural selection, though insuperable by our imagination, can hardly be considered real. How a nerve comes to be sensitive to light, hardly concerns us more than how life itself first originated; but I may remark that several facts make me suspect that any sensitive nerve may be rendered sensitive to light, and likewise to those coarser vibrations of the air which produce sound.

达尔文确实表达了他的担忧,因为按照物种起源关于其他问题的论证,对于眼睛这种超级精巧的器官是如何进化的,他不能给出解释.于是,由if, if further, and if三个假设,一个then,得出眼睛could be formed by natural selection,注意,还是一个could be...

俺认为,这明确地显示出,物种起源的假说性,尤其是关于眼睛的进化,从逻辑的角度看,无疑是一种猜测.任何其他一门科学都不应该也不可能这样来阐述一条公理或定理.尽管在数学这种最严密的学科里,仍然存在无法证明的公理,和暂时无法证明的猜想,但是,任何一个严谨的科学家都不应不承认,进化论相对于其他学科,其严密性和逻辑性都差得远.

关于达尔文的三个假设,俺前文已经做过表述.这里从另外的角度回顾一下.眼睛的特殊性不仅在于极其精巧,更在于无法形成化石.所以达尔文不能提出直接的证据论证眼睛的进化,所以,他在假设1中提出,将眼睛从简单到复杂做一个排列,并确认他们各有其用,如何做到呢?人的眼睛,鹰的眼睛,蜻蜓的眼睛,以至于鼹鼠的眼睛,草履虫的眼睛,哪个是最复杂的,哪个是最简单的?俺不认为人的眼睛是最高级的,也不认为草履虫的眼睛就那么低级.物尽其用到是确凿的.即便他们有高级和低级的区别,但并非一定存在进化关系.例如人比猴子高级,但是进化论者自己都在极力否认猴子和人的进化关系,而是说,猴子与人由共同的祖先进化来的.那么,假设能够合理地排列出"从一个完善和复杂的眼睛到一个非常不完善和简单的眼睛存在着大量的级别",也并不能说明他们之间的进化关系,按照进化论者自己不矛盾的逻辑,应该说这些眼睛是由共同的祖先进化来的.那是什么?

通读物种起源,达尔文说了太多的if-then和I think.作为科学假说,俺认同科学家进行研究,作为哲学思想,俺也认同达尔文主义的影响,但是,科学本身是严肃而又严谨的.达尔文自己的if-then式的描述怎能作为对科学的答复?况且,不是所有的充要if已经成为定理,何来的then?从逻辑学上讲,里程并未对物种起源断章取义,也没有理解错,相反,说里程撒谎的人,俺认为没有通读过物种起源或对物种起源"断章取义".

物种起源最后一章,达尔文说That many and grave objections may be advanced against the theory of descent with modification through natural selection, I do not deny. I have endeavoured to give to them their full force.能够看出,达尔文作为学者还是很谦逊的,他不否认关于进化论的大量的不利因素.他已经对这些问题作了尽力的答复,尽管很多答复是未确定的if-then式的.但是,达尔文的继承者们似乎抛弃了达尔文的谦逊,斩钉截铁地宣布进化论的真理性,这是出于科学还是出于别的?

换个角度,重新考虑进化论,科学和信仰三者的关系,如果科学主义者不愿意承认信仰与科学的完美统一,但应该不得不思考这样一个问题,在辉煌灏缈的科学殿堂里,为什么唯有进化论与信仰如此格格不入?是进化论比其他学科更科学,更能代表科学的全部?还是因为别的?

如果信仰与科学存在冲突,那么冲突应该是广泛的.可除了进化论,似乎只有地心说和日心说的争论比较被津津乐道?而关于这个问题,显然不是信仰的问题.因为地心说被当时的教廷接受,因此,日心说挑战地心说,就是对教廷权威的挑战.在当时教廷集权统治的欧洲,这种对权力的蔑视遭到无情的镇压是可以理解的,又是可以确凿得出,人性的弱点和人的组织存在的缺陷.有没有一种人,或者一种组织,政党,政府从来没有错误?这是一个与信仰不那么必然关联的另外的问题.

在基督徒看来,科学与信仰是完美统一的,在科学主义者眼中,科学是孤立的,有信仰的被看作是"没有受过高等教育的",甚至有人提出科学与艺术的对立(请参看相关著作.)科学主义者发现进化论是对基督教以及其他宗教最彻底的无产阶级式的革命,故意夸大其科学性,掩饰它的假说性.这是进化论的"进化".从哲学角度看,科学主义其实就是机械唯物主义,非常机械.更多精彩文章及讨论，请光临枫下论坛 rolia.net